Деятельность МЦОВ осуществляется в соответствии с Кругом ведения к Меморандуму о взаимопонимании между Правительством Республики Казахстан и Европейской экономической комиссией ООН от 5 мая 2017 года, а также Программой работы, которая утверждается решением Совещания Сторон Конвенции по трансграничным водам на трёхлетний период.
Согласно Кругу ведения, задача МЦОВ заключается в содействии обмену опытом и передовой практикой, проведении и координации исследований, связанных с Конвенции по трансграничным водам, организации соответствующих учебных курсов, разработке и осуществлении проектов в поддержку осуществления Конвенции по трансграничным водам и т.д.
Деятельность МЦОВ в основном сфокусирована на Центральной Азии и сопредельных с регионом странах, включая Казахстан, Кыргызстан, Таджикистан, Туркменистан, Узбекистан, а также Афганистан, Китай, Иран, Монголию и Россию.
Программа работы МЦОВ разрабатывается по согласованию с Правительством Республики Казахстан, Бюро и Секретариатом Конвенции по трансграничным водам.